Nach Aussage der Chronisten wurde Gautzsch bereits 961 erwähnt und wäre damit einer der ältesten Orte im Leipziger Raum. Ebenfalls auf slawische Ursprünge zurückgehend, war Gautzsch in der Folgezeit deutlich besser ausgestattet als das benachbarte Oetzsch. Es hatte eine Kirche und ein Rittergut. Eigentümer von Gautzsch waren nacheinander die mächtigen Geschlechter derer von Pflugk, Gehofen und Dieskau, die auch größtenteils hier residierten, an die aber im Ort nichts erinnert. 1713 kaufte der Leipziger Ratsbaumeister, Kammer- und Kommerzienrat Wolfgang Jöcher den Besitz und baute unter dem künstlerischen Einfluss des Landbaumeisters David Schatz Herrensitz, Dorf und Kirche weitgehend neu auf. Für seine Gutsarbeiter ließ er Drescherhäuser und kleine Hofstellen, die Auerbachs Hof heißen, errichten, damals ein soziales Novum.

Ab 1861 war die Familie Kees aus Zöbigker Besitzer von Gautzsch; der jüngere Sohn Walter erbte den Besitz 1885 und gestaltete ihn sofort im Stil des gerade modernen Neobarock um.
Auch Gautzsch strebte nach der Jahrhundertwende verstärkt eine Stadtgründung an. Bedeutende Industriebetriebe konnten angesiedelt werden, ein Villengebiet entstand, auch ein Bebauungsplan für das neue Stadtzentrum auf dem Eulenberg lag schon vor. Dennoch wuchs der Ort nicht so schnell wie erwartet und wie das benachbarte Oetzsch. Zu lange blieb unentschieden, welchen Charakter der Ort in der neuen Zeit gewinnen würde.

Mit seiner Vielfalt von Grün- und Bebauungsstrukturen verkörpert Gautzsch deshalb heute die Typik ganz Markkleebergs im kleinen. Nach dem Krieg wurde der Herrensitz zum Krankenhaus, in den Betrieben wurden Konsumgüter produziert. Seit 1958 entstanden Neuansiedlungen, vielfach für die Familien aus abgebaggerten Dörfern. Auch Gautzsch erfuhr in den 80er Jahren Tagebaurandlage, dafür nun aber auch „Seeluft“.
Innerhalb weniger Jahre haben sich die Aussichten für den Ort grundlegend geändert. Auch die alten Pläne einer Ortserweiterung auf dem Eulenberg sind mittlerweile für moderne Wohnansprüche zum größten Teil realisiert.

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